Les collections du musée à quai mettent en scène l'histoire millénaire de Dunkerque, port stratégique en mer du Nord, tour à tour place-forte espagnole, citadelle imprenable sous Louis XIV, cité de corsaires ou encore théâtre de l'opération Dynamo.
La présentation des activités et des métiers d'aujourd'hui permet de comprendre le rôle du port, maillon essentiel du transport mondial, lieu d'échange et de mouvement perpétuel. Une superbe collection de maquettes présentée dans la galerie navale montre l'évolution des navires au cours des siècles.
La collection de bateaux du Musée portuaire, unique en France, représente un des attraits majeurs de la visite. Le musée à flot offre l'occasion de monter à bord des navires qui ont marqué le paysage maritime et portuaire du XXe siècle.